Resistance in chickpea to Ascochyta rabiei is conferred by genes encoding pathogen recognition and other genes in basic defense pathways
Notice bibliographique
Résumé
This study examines the molecular basis of resistance to Ascochyta rabiei in chickpea. An inter-specific population of RIL derived from C. arietinum ICC4958 x C. reticulatum PI489777 was used to develop a high-density linkage map consisting of 1328 SNP and SSR markers. Progenies were inoculated separately with two isolates from Canada and one from Syria using a detached leaf-assay. This allowed an accurate record of lesion development over time that was used to calculate the area under the disease progress curve (AUDPC). The parental lines interacted differentially with the isolates as AUDPC were 20.6, 9.3 and 4.4 in ICC4958 compared to 2.0, 3.2 and 9.3 in PI489777. Ten quantitative resistance loci (QRL) explained 5 to 26% of the phenotypic variation. The two parents contributed to resistance at different loci. Each QRL interacted with a single isolate, except one that interacted with two isolates. Since a portion of the SNP markers were designed in exonic sequences a search of GenBank and Medicago data bases revealed annotated gene function. A major discovery was a match of SNP markers at six QRL with genes encoding serine/threonine kinase proteins involved in pathogen recognition, innate immune response, programmed cell death and signal transduction. Genes at the remaining QRL were associated with well known basic defense pathways such as thaumatin, chalcone-stilbene, peroxidase and ethylene. Evidence suggest that recognition of A. rabiei results in qualitative disease phenotypes seen in some studies, while the quantitative nature of resistance in other studies might be a result of activation of additional networks of basic defense pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».