The <i>pncA</i> gene mutations of <i>Mycobacterium tuberculosis</i> in multidrug‐resistant tuberculosis
Notice bibliographique
Résumé
The pncA gene encodes pyrazinamidase enzyme which converts drug pyrazinamide to active form pyrazinoic acid, but mutations in this gene can prevent enzyme activity which leads to pyrazinamide resistance. The cross-sectional study was carried out during 2016-2017 for 12 months. The purpose of the study was to detect mutation at codon 12 and codon 85 in the pncA gene in local multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) patients by developing a simple molecular test so that disease could be detected timely in the local population. DNA extracted from sputum-cultured samples from MDR-TB patients and subjected to semi-multiplex allele-specific PCR by using self-designed primers against the pncA gene. Among 75 samples, 53 samples were subjected to molecular analysis based on purified DNA quantity and quality. The primers produced 250 and 480 bp fragments, indicating the mutations at codon 12 (aspartate to alanine) and codon 85 (leucine to proline) respectively. MDR-TB was more common in the age group 21-40 years. Fifty-seven percent of samples (n = 30) were found positive for pncA mutations, whereas 43% of samples (n = 23) showed negative results. Thirteen percent of samples (n = 4) had mutations at codon 12 in which aspartate was converted to alanine, and they produced an amplified product of 480 bp. Eighty-seven percent of samples (n = 26) had mutations at codon 85 in which leucine was converted to proline and amplified product size was 250 bp. The mutations were simple nucleotide substitutions. The prevalence of mutations in which leucine was substituted by proline was higher than the mutations in which aspartate was substituted by alanine. A high prevalence of substitution mutation (CTG → CCG; leucine to proline) was detected in MDR-TB cases. Earlier detection of MDR-TB via an effective molecular diagnostic method can control the MDR tuberculosis spread in the population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».