thierrygosselin/stackr: v.0.4.6 `write_colony` replace `haplo2colony` and `stackr` now likes PCs!
Notice bibliographique
Résumé
<strong>v.0.4.6</strong> I'm pleased to announce that <code>stackr</code> parallel mode now works with <strong>Windows</strong>! Nothing to install, just need to choose the number of CPU, the rest is done automatically. <code>haplo2colony</code> is deprecated. Use the new function called <code>write_colony</code>! <code>write_colony</code>: works similarly to the deprecated function <code>haplo2colony</code>,<code>* with the major advantage that it's no longer restricted to STACKS haplotypes file. * The function is using the `tidy_genomic_data` module to import files. So you can choose one of the 10 input file formats supported by `stackr`! * other benefits also include the possibility to efficiently test MAF, snp.ld, haplotypes/snp approach, whitelist of markes, blacklist of individuals, blacklist of genotypes, etc. with the buit-it arguments. * the function only **keeps markers in common** between populations/groups and **is removing monomorphic markers**. * **Note:** there are several *defaults* in the function and it's a complicated file format, so make sure to read the function documentation, please, and `COLONY` manual. </code>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».