Characterization of an Aptamer for AFB1: : An Attempt at Aptasensor Design and Modular End Labeling
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Aptamers are nucleic acid-based ligand binding molecules that are capable of strong and specific binding to small molecule, protein, or whole cell ligands. These versatile nucleic acids can be paired with visualization techniques to create sensors which are aptly named aptasensors. This research project was aimed at developing a colorimetric DNA-based aptasensor for the detection of aflatoxin B1 (AFB1) by pairing it with DNAzyme in a same-strand split design. To properly design the aptasensor, characterization experiments were carried out. These included a native gel to test for conformational change, UV absorption spectra, and DMS probing. The native gel and UV absorption spectra were low in resolution and did not provide valuable information regarding conformational change. DMS probing is a type of fingerprinting experiment that allowed for the elucidation of AFB1 binding sites on the aptamer. An end-labeling technique was required for the DMS probing. Since MacEwan University is not equipped for radioactive end labeling, a modular fluorescent labeling technique was developed. This technique involved a 5’-fluorescently labeled “probe” molecule ligated to the aptamer by use of an adaptor oligonucleotide (complementary to both the probe and 3’ end of the aptamer), T4 PNK and T4 DNA ligase. Overall, our end labeling technique was functional and DMS probing allowed for aptamer characterization, but time did not allow for the aptasensor to be designed and tested. Now that the aptamer has been characterized, aptasensor design and testing may be carried out in a future project and the end labeling technique may be used in future aptamer research. Department: Honours Biology Faculty Mentor: Dr. Nina Bernstein
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle