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Enregistrement W3209104656 · doi:10.1515/em-2021-0007

Statistical modeling of COVID-19 deaths with excess zero counts

2021· article· en· W3209104656 sur OpenAlexaff
Sami Khedhiri

Notice bibliographique

RevueEpidemiologic Methods · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMathematics
ThématiqueCOVID-19 epidemiological studies
Établissements canadiensUniversity of Prince Edward Island
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCount dataNegative binomial distributionOverdispersionStatisticsPoisson distributionEconometricsPoisson regressionStatistical modelAutoregressive modelStatistical inferenceGoodness of fitRegression analysisCoronavirus disease 2019 (COVID-19)MathematicsMarginal modelMedicineInfectious disease (medical specialty)DiseasePopulation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Objectives Modeling and forecasting possible trajectories of COVID-19 infections and deaths using statistical methods is one of the most important topics in present time. However, statistical models use different assumptions and methods and thus yield different results. One issue in monitoring disease progression over time is how to handle excess zeros counts. In this research, we assess the statistical empirical performance of these models in terms of their fit and forecast accuracy of COVID-19 deaths. Methods Two types of models are suggested in the literature to study count time series data. The first type of models is based on Poisson and negative binomial conditional probability distributions to account for data over dispersion and using auto regression to account for dependence of the responses. The second type of models is based on zero-inflated mixed auto regression and also uses exponential family conditional distributions. We study the goodness of fit and forecast accuracy of these count time series models based on autoregressive conditional count distributions with and without zero inflation. Results We illustrate these methods using a recently published online COVID-19 data for Tunisia, which reports daily death counts from March 2020 to February 2021. We perform an empirical analysis and we compare the fit and the forecast performance of these models for death counts in presence of an intervention policy. Our statistical findings show that models that account for zero inflation produce better fit and have more accurate forecast of the pandemic deaths. Conclusions This paper shows that infectious disease data with excess zero counts are better modelled with zero-inflated models. These models yield more accurate predictions of deaths related to the pandemic than the generalized count data models. In addition, our statistical results find that the lift of travel restrictions has a significant impact on the surge of COVID-19 deaths. One plausible explanation of the outperformance of zero-inflated models is that the zero values are related to an intervention policy and therefore they are structural.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,025
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,025
Score d'incertitude au seuil0,049

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,025
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,602
Tête enseignante GPT0,584
Écart entre enseignants0,018 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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