Molecular epidemiological characteristics of <i>Mycobacterium abscessus</i> complex in non-cystic fibrosis patients in Japan and Taiwan
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Mycobacterium abscessus complex (MABC) is an emerging non-tuberculous mycobacterium (NTM). Specific MABC clones are reportedly spreading globally in cystic fibrosis (CF) patients, however, associated genomic epidemiology studies are lacking in East Asia. Analysis of whole-genome sequencing data for MABC isolates from 220 pre-treatment, non-CF patients in Japan and Taiwan revealed that 112/220, 105/220, and 3/220 were M. abscessus subsp. abscessus (ABS), M. abscessus subsp. massiliense (MAS), and M. abscessus subsp. bolletii (BOL), respectively. No significant differences in subspecies composition were noted based on location. Moreover, >50% of ABS and >70% of MAS were related to four predominant clones in the region. Known mutations conferring acquired macrolide resistance were rare (1.4%) and not enriched in the predominant clones. Conversely, the macrolide-susceptible erm (41) T28C mutation was significantly enriched in one predominant ABS clone. The most predominant ABS clone was genetically related to the dominant circulating clone (DCC). Hence, we have clarified the relationship between the predominant clones in Japan and Taiwan, and those reported in the international CF patient community. Our results provide insights regarding the genetic characteristics of globally dominant and area-specific strains isolated from patients with or without CF, as well as differences between globally spread and regionally-specific strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».