Environment supersedes host lineage in shaping the gut microbiome of squirrels in the Pacific Northwest
Notice bibliographique
Résumé
Both host genetics and environmental factors have been shown to influence the establishment and composition of the gut microbiome, but it remains unclear whether host genetics or environment has a stronger effect in shaping the gut microbiome. The present study exploits a natural reciprocal transplant system of island and mainland Tamiasciurus hudsonicus (red squirrels) and T. douglasii (Douglas squirrels) in the Pacific Northwest to investigate the relative strength of genetic and environmental factors in influencing gut microbiome composition. Phylogeographic analysis of Tamiasciurus squirrels have shown a closer genetic relatedness between Vancouver Island (VI) red squirrels and interior mainland red squirrels despite the closer geographic proximity between VI red squirrels and coastal mainland Douglas squirrels. We extracted DNA from cecal samples of 35 red squirrels (13 VI and 22 mainland) and 34 Douglas squirrels specimens collected between 2008 and 2010 and amplified the V4 region of the bacterial 16s rRNA gene. The data were grouped by collection site, species identity, and geographic region, which we established based on the World Wildlife Fund's terrestrial ecoregion classifications that consider flora and fauna communities and environmental conditions. Surprisingly, our principal coordinate analysis (PCoA) plots for Bray-Curtis dissimilarity and weighted Uni-Frac distance showed VI red squirrels clustered with coastal mainland Douglas squirrels instead of with interior mainland red squirrels. Similarly, permutational analysis of variance (PERMANOVA) tests for Bray-Curtis and weighted Uni-Frac showed a large distance between the VI and interior mainland red squirrels. Altogether, these results suggest that the environment is a stronger driver of the gut microbiome in Tamiasciurus in the Pacific Northwest than host lineage is. Our findings from this natural reciprocal transplant system provide additional support to a growing number of studies indicating that the environment overshadows phylogenetic effects of the host species in shaping the gut microbiome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».