4DN-BINA-OME (NBO) Tiered Microscopy Metadata Specifications - v2.01 - XLS Spreadsheet and Entity Relationship schemas
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
<strong>This an XLS Spreadsheet and three Entity-Relationship Schemas representing the latest version (v02.01) of the 4DN-BINA-OME (NBO) tiered system of Microscopy Metadata Specifications extending the OME Data Model.</strong> <em>Note: v2.01 is a minor release that corrects minor errors that were found in v2.00.</em> While the power of modern microscopy techniques is undeniable, rigorous record-keeping and quality control are required to ensure that imaging data may be properly interpreted (quality), reproduced (reproducibility), and used to extract reliable information and scientific knowledge which can be shared for further analysis (value). In the absence of agreed guidelines, it is inherently difficult for scientists to create comprehensive records of imaging experiments and ensure the quality of resulting image data or for manufacturers to incorporate standardized reporting and performance metrics. To solve this problem, the 4D Nucleome (4DN) Initiative and BioImaging North America (BINA) here propose light Microscopy Metadata specifications that scale with experimental intent and with the complexity of the instrumentation and analytical requirements. They consist of a set of three extensions of the latest version of the Open Microscopy Environment (OME) Data Model, which was released in 2016. Because of their scalable nature, the 4DN-BINA-OME Microscopy Metadata Specifications clearly specify which provenance and quality control metadata should be recorded for a given experiment. Last but not least, this endeavor is closely aligned with the undertakings of the recently established global community initiative dedicated to Quality Assessment and Reproducibility in Light Microscopy (QUAREP-LiMi; quarep.org). As a result, the ensuing flexible 4DN-BINA-OME (NBO) framework represents a turning point towards achieving community-driven Microscopy Metadata standards that would increase data fidelity, improve repeatability and reproducibility, ease future analysis and facilitate the verifiable comparison of different datasets, experimental setups, and assays. The intention of this proposal is to encourage participation, critiques, and contributions from the entire imaging community and all stakeholders, including research and imaging scientists, facility personnel, instrument manufacturers, software developers, standards organizations, journals, and funding agencies.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,015 | 0,021 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle