Cross-border transmissions of delta substrain AY.29 during Olympic and Paralympic Games
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Tokyo Olympic and Paralympic Games, postponed for COVID-19 pandemic, were finally held in summer of 2021. Just before the games, alpha variant was being replaced with more contagious delta variant (B.1.617.2). AY.4 substrain AY.29, which harbors two additional characteristic mutations of 5239C>T (NSP3 Y840Y) and 5514T>C (NSP3 V932A), emerged in Japan and became the dominant strain in Tokyo by the time of the Olympic Games. As of October 18, 98 AY.29 samples are identified in 16 countries outside of Japan. Phylogenetic analysis and ancestral searches identified 46 distinct introductions of AY.29 strains into those 16 countries. United States has 44 samples with 10 distinct introductions, and United Kingdom has 13 distinct AY.29 strains introduced in 16 samples. Other countries or regions with multiple introductions of AY.29 are Canada, Germany, South Korea, and Hong Kong while Italy, France, Spain, Sweden, Belgium, Peru, Australia, New Zealand, and Indonesia have only one distinct strain introduced. There exists no unambiguous evidence that Olympic and Paralympic Games induced cross-border transmission of the delta substrain AY.29. Since most of unvaccinated countries are also under sampled for genome analysis with longer lead time for data sharing, it will take longer to capture the whole picture of cross-border transmissions of AY.29.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».