RT-qPCR detection of SARS-CoV-2 mutations S 69–70 del, S N501Y and N D3L associated with variants of concern in Canadian wastewater samples
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Notice bibliographique
Résumé
SARS-CoV-2 variants of concern (VoC) have been increasingly detected in clinical surveillance in Canada and internationally. These VoC are associated with higher transmissibility rates and in some cases, increased mortality. In this work we present a national wastewater survey of the distribution of three SARS-CoV-2 mutations found in the B.1.1.7 (alpha), B.1.351 (beta), and P.1 (gamma) VoC, namely the S-gene 69-70 deletion, N501Y mutation, and N-gene D3L. RT-qPCR allelic discrimination assays were sufficiently sensitive and specific for detection and relative quantitation of SARS-CoV-2 variants in wastewater to allow for rapid population-level screening and surveillance. We tested 261 samples collected from 5 Canadian cities (Vancouver, Edmonton, Toronto, Montreal, and Halifax) and 6 communities in the Northwest Territories from February 16th to March 28th, 2021. VoC were not detected in the Territorial communities, suggesting the absence of VoC SARS-CoV-2 cases in those communities. Percentage of variant remained low throughout the study period in the majority of the sites tested, however the Toronto sites showed a marked increase from ~25% to ~75% over the study period. The results of this study highlight the utility of population level molecular surveillance of SARS-CoV-2 VoC using wastewater. Wastewater monitoring for VoC can be a powerful tool in informing public health responses, including monitoring trends independent of clinical surveillance and providing early warning to communities.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle