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Enregistrement W3209997153 · doi:10.1038/s41467-021-26455-w

Quantitative 3D imaging of the cranial microvascular environment at single-cell resolution

2021· article· en· W3209997153 sur OpenAlexaff
Alexandra N. Rindone, Xiaonan Liu, Stephanie Farhat, Alexander Perdomo‐Pantoja, Timothy F. Witham, Daniel L. Coutu, Mei Wan, Warren L. Grayson

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensOttawa HospitalUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesNational Institute of Dental and Craniofacial ResearchNational Institute of General Medical SciencesNational Science FoundationNational Institutes of HealthU.S. Department of Health and Human ServicesAssociation Neurofibromatoses et RecklinghauseAchievement Rewards for College Scientists Foundation
Mots-clésSkullProgenitor cellBiologyHigh resolutionPhenotypeAnatomyNeurosciencePathologyCell biologyStem cellMedicineGeology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Vascularization is critical for skull development, maintenance, and healing. Yet, there remains a significant knowledge gap in the relationship of blood vessels to cranial skeletal progenitors during these processes. Here, we introduce a quantitative 3D imaging platform to enable the visualization and analysis of high-resolution data sets (>100 GB) throughout the entire murine calvarium. Using this technique, we provide single-cell resolution 3D maps of vessel phenotypes and skeletal progenitors in the frontoparietal cranial bones. Through these high-resolution data sets, we demonstrate that CD31 hi Emcn hi vessels are spatially correlated with both Osterix+ and Gli1+ skeletal progenitors during postnatal growth, healing, and stimulated remodeling, and are concentrated at transcortical canals and osteogenic fronts. Interestingly, we find that this relationship is weakened in mice with a conditional knockout of PDGF-BB in TRAP+ osteoclasts, suggesting a potential role for osteoclasts in maintaining the native cranial microvascular environment. Our findings provide a foundational framework for understanding how blood vessels and skeletal progenitors spatially interact in cranial bone, and will enable more targeted studies into the mechanisms of skull disease pathologies and treatments. Additionally, our technique can be readily adapted to study numerous cell types and investigate other elusive phenomena in cranial bone biology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations73
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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