S848 Ulcerative Colitis Disease Activity Is Dominated by Innate Immunity and Features of Tissue Remodeling
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Ulcerative colitis (UC) is a chronic inflammatory condition affecting the colonic epithelium, with potential roles for the inflammasome, complement activation, T cells, and the microbiome in pathogenesis. We applied an established method of microarray-based gene expression analysis to a set of 128 UC biopsies (from 115 patients), to elucidate the molecular changes associated with active UC. Methods: 128 UC colonic biopsies were collected at the University of Alberta Hospital (Edmonton, Alberta) and Cedars-Sinai Hospital (Los Angeles, California) during standard of care colonoscopy. Biopsies were processed using Affymetrix microarrays. Gene expression data from the population was visualized using volcano plots (showing fold change and association between genes and endoscopic Mayo score), and heatmaps (showing expression of the top 30 genes in a previously established cell panel). Overexpression of top genes was analyzed using Gene Ontology and KEGG pathways. Results: The volcano plot (Figure 1A) showed strong associations between the endoscopic Mayo score and components of innate immunity, e.g. complement factor B (CFB), C1-inhibitor (also known as SERPING1), chitinase 3-like 1 (CHI3L1), and inflammasome genes (ZBP1 and PIM2). Moderate associations with calprotectin (S100A8 and S100A9), other inflammasome components (CASP1 and NLRP3), and T cell transcripts (i.e. CTLA4, PDL1) were observed. Targets of biologic therapy (TNFA, ITGA4/B7, IL12B) were weakly associated with the endoscopic Mayo score. Expression of the top genes in a cell panel ( Figure 1B) showed primary expression in monocytes, macrophages, dendritic cells, and polymorphonucleocytes, with some expression in colon epithelial and endothelial cells. Minimal expression was found in CD4/CD8 T cells or NK cells. Pathway analysis represented extracellular matrix remodeling, complement regulation, and TNFA signaling, but revealed no pathways associated with adaptive immunity (Table 1). Conclusion: UC disease activity, as assessed by the endoscopic Mayo score, was strongly associated with tissue remodeling and molecules of innate immunity that were largely found in myeloid cells, colon epithelium, and endothelium. Cognate T cells were not dominant features of UC disease activity. These data suggest that the driver of ongoing UC activity is independent of the cognate T cell response.Figure 1.: (A) Volcano plot of endoscopic Mayo score 2,3 vs. 0,1. (B) Top 30 endoscopic Mayo score-associated transcripts expressed in a panel of culture cells.Table 1.: Top 10 pathways from overrepresentation analysis of top 300 genes increased in the class comparison of biopsies with endoscopic Mayo score 2,3 vs. 0,1 (BP, CC, MF, and KEGG terms).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».