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Enregistrement W3210526432 · doi:10.1038/s41397-021-00251-7

Association study of candidate DNA-repair gene variants and acute graft versus host disease in pediatric patients receiving allogeneic hematopoietic stem-cell transplantation

2021· article· en· W3210526432 sur OpenAlexaff
Chakradhara Rao S. Uppugunduri, Patricia Huezo-Diaz, Tiago Nava, Mohamed Aziz Rezgui, Vid Mlakar, Simona Jurković Mlakar, Nicolas Waespe, Yves Théorêt, Fabienne Gumy‐Pause, Fanette Bernard, Yves Chalandon, Jaap Jan Boelens, Robbert G. M. Bredius, Jean‐Hugues Dalle, Christa E. Nath, Selim Corbacioglu, Christina Peters, Peter Bader, Peter J. Shaw, Henrique Bittencourt, Maja Krajinović, Marc Ansari

Notice bibliographique

RevueThe Pharmacogenomics Journal · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHematopoietic Stem Cell Transplantation
Établissements canadiensCentre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine
Organismes subventionnairesUniversité de GenèveSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungOak FoundationNational Science Foundation
Mots-clésCumulative incidenceHematopoietic stem cell transplantationMedicineTransplantationGraft-versus-host diseaseCohortInternal medicineBusulfanOncologyStem cellImmunologyDNA repairIncidence (geometry)DiseaseOdds ratioGastroenterologyGeneBiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Acute Graft versus Host Disease (aGvHD) grades 2-4 occurs in 15-60% of pediatric patients undergoing allogeneic haematopoietic stem-cell transplantation (allo-HSCT). The collateral damage to normal tissue by conditioning regimens administered prior to allo-HSCT serve as an initial trigger for aGvHD. DNA-repair mechanisms may play an important role in mitigating this initial damage, and so the variants in corresponding DNA-repair protein-coding genes via affecting their quantity and/or function. We explored 51 variants within 17 DNA-repair genes for their association with aGvHD grades 2-4 in 60 pediatric patients. The cumulative incidence of aGvHD 2-4 was 12% (n = 7) in the exploratory cohort. MGMT rs10764881 (G>A) and EXO rs9350 (c.2270C>T) variants were associated with aGvHD 2-4 [Odds ratios = 14.8 (0 events out of 40 in rs10764881 GG group) and 11.5 (95% CI: 2.3-191.8), respectively, multiple testing corrected p ≤ 0.001]. Upon evaluation in an extended cohort (n = 182) with an incidence of aGvHD 2-4 of 22% (n = 40), only MGMT rs10764881 (G>A) remained significant (adjusted HR = 2.05 [95% CI: 1.06-3.94]; p = 0.03) in the presence of other clinical risk factors. Higher MGMT expression was seen in GG carriers for rs10764881 and was associated with higher IC50 of Busulfan in lymphoblastoid cells. MGMT rs10764881 carrier status could predict aGvHD occurrence in pediatric patients undergoing allo-HSCT.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,031
Score d'incertitude au seuil0,689

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,269
Écart entre enseignants0,254 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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