Microbial interaction-driven community differences as revealed by network analysis
Notice bibliographique
Résumé
Diversity and compositional analysis are the most common approaches in deciphering microbial community differences. However, these approaches neglect microbial structural differences driven by microbial interactions. In this study, the microbiota data were generated from 12 rectal digesta samples collected from steers in which the Shiga toxin 2 gene (stx2) was not expressed (defined as Stx2− group) in the bacteria, and those with stx2 expressed (defined as Stx2+ group) and used to explore whether microbial networks affect gut microbiota and foodborne pathogen virulence in cattle. Although the Shannon and Chao1 indices of rectal digesta microbial communities did not differ between the two groups (P > 0.05), 24 and 13 taxa were identified to be group-specific genera for Stx2− and Stx2+ microbial communities, respectively. The network analysis indicated 12 and 14 generalists (microbes that were densely connected with other taxa) in microbial communities for Stx2− and Stx2+ groups, and 8 out of 12 generalists and 6 out of 14 generalists were designated to Stx2− and Stx2+ group-specific genera, respectively. However, the 66 core genera were not classified as network generalists. Natural connectivity measurements revealed that the higher stability of the Stx2− microbial network in comparison to the Stx2+ network, suggesting that the structure of each microbial community was inherently different even when their diversity and composition were comparable. Group-specific genera intensely interacted with other taxa in the co-occurrence network, indicating that characterizing microbial networks together with group-specific genera could be an alternative approach to identify variation in microbial communities.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».