Co-detections versus coinfections in the context of SARS-CoV-2 diagnostics
Notice bibliographique
Résumé
As the northern hemisphere enters the winter season, and as uptake of SARS-CoV-2 vaccination is being followed by a general relaxation of stringent pandemic control measures, it is expected that other typical seasonal respiratory viruses will rebound in their prevalence. The study of Chekuri et al.1 and many similar articles raise the spectre of having coexisting respiratory virus epidemics simultaneous with the lingering COVID-19 pandemic and thus potentially complicating morbidity, diagnostics and prevention. In the context of this complicated winter season, the semantics of ‘coinfection’ and the implications of diagnostic testing are critical to review. The majority of diagnostic assays, which are of a multiplex fashion, depend on RNA or DNA amplification. Pointed thresholds of positivity or negativity can be fallible. There are often no secondary diagnostic assays and the testing readout is generally accepted for the result so given. The mere positive determinations, however, do not prove infection. That is, ‘co-detection’ does not necessarily imply ‘coinfection’.2,3 Diagnostic RNA or DNA amplification targets may be single or multiple, and amplification thresholds are not uniform between commercial and in-house assays. Measures of prolonged detection may occur in the absence of viable microbe and thus the timing of co-detection may simply coincide with the presence of inactive and non-diagnostic RNA or DNA. For previously common endemic respiratory coronaviruses, the co-detection concept raises several concerns for determining true coinfection.2 This is especially suggested by the positive determinations that are not uncommonly seen among respiratory samples from asymptomatic control groups.4–6 Among co-detections, respiratory syncytial virus and influenza virus are more often associated with active infection and thus the exclusion of samples with these detections may skew the perceptions of coinfection comorbidity if it should occur.3–5 In this light, future studies of coinfection will benefit from confirmatory diagnostic methods that are applicable to the determination of timeliness for associated disease and the veritable coincident laboratory test positivity. None to declare.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,029 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,036 | 0,020 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».