The 2021 WHO catalogue of Mycobacterium tuberculosis complex mutations associated with drug resistance: a genotypic analysis
Notice bibliographique
Résumé
Background Molecular diagnostics are considered the most promising route to achievement of rapid, universal drug susceptibility testing for Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC).We aimed to generate a WHO-endorsed catalogue of mutations to serve as a global standard for interpreting molecular information for drug resistance prediction. MethodsIn this systematic analysis, we used a candidate gene approach to identify mutations associated with resistance or consistent with susceptibility for 13 WHO-endorsed antituberculosis drugs.We collected existing worldwide MTBC whole-genome sequencing data and phenotypic data from academic groups and consortia, reference laboratories, public health organisations, and published literature.We categorised phenotypes as follows: methods and critical concentrations currently endorsed by WHO (category 1); critical concentrations previously endorsed by WHO for those methods (category 2); methods or critical concentrations not currently endorsed by WHO (category 3).For each mutation, we used a contingency table of binary phenotypes and presence or absence of the mutation to compute positive predictive value, and we used Fisher's exact tests to generate odds ratios and Benjamini-Hochberg corrected p values.Mutations were graded as associated with resistance if present in at least five isolates, if the odds ratio was more than 1 with a statistically significant corrected p value, and if the lower bound of the 95% CI on the positive predictive value for phenotypic resistance was greater than 25%.A series of expert rules were applied for final confidence grading of each mutation. FindingsWe analysed 41 137 MTBC isolates with phenotypic and whole-genome sequencing data from 45 countries.38 215 MTBC isolates passed quality control steps and were included in the final analysis.15 667 associations were computed for 13 211 unique mutations linked to one or more drugs.1149 (7•3%) of 15 667 mutations were classified as associated with phenotypic resistance and 107 (0•7%) were deemed consistent with susceptibility.For rifampicin, isoniazid, ethambutol, fluoroquinolones, and streptomycin, the mutations' pooled sensitivity was more than 80%.Specificity was over 95% for all drugs except ethionamide (91•4%), moxifloxacin (91•6%) and ethambutol (93•3%).Only two resistance mutations were identified for bedaquiline, delamanid, clofazimine, and linezolid as prevalence of phenotypic resistance was low for these drugs.Interpretation We present the first WHO-endorsed catalogue of molecular targets for MTBC drug susceptibility testing, which is intended to provide a global standard for resistance interpretation.The existence of this catalogue should encourage the implementation of molecular diagnostics by national tuberculosis programmes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,009 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».