The human pseudouridine synthase PUS7 recognizes RNA with an extended multi-domain binding surface
Notice bibliographique
Résumé
The human pseudouridine synthase PUS7 is a versatile RNA modification enzyme targeting many RNAs thereby playing a critical role in development and brain function. Whereas all target RNAs of PUS7 share a consensus sequence, additional recognition elements are likely required, and the structural basis for RNA binding by PUS7 is unknown. Here, we characterize the structure-function relationship of human PUS7 reporting its X-ray crystal structure at 2.26 Å resolution. Compared to its bacterial homolog, human PUS7 possesses two additional subdomains, and structural modeling studies suggest that these subdomains contribute to tRNA recognition through increased interactions along the tRNA substrate. Consistent with our modeling, we find that all structural elements of tRNA are required for productive interaction with PUS7 as the consensus sequence of target RNA alone is not sufficient for pseudouridylation by human PUS7. Moreover, PUS7 binds several, non-modifiable RNAs with medium affinity which likely enables PUS7 to screen for productive RNA substrates. Following tRNA modification, the product tRNA has a significantly lower affinity for PUS7 facilitating its dissociation. Taken together our studies suggest a combination of structure-specific and sequence-specific RNA recognition by PUS7 and provide mechanistic insight into its function.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».