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Enregistrement W3211257969 · doi:10.1101/2021.10.29.466552

The use of disinfectant in barn cleaning alters microbial composition and increases carriage of <i>Campylobacter jejuni</i> in broiler chickens

2021· preprint· en· W3211257969 sur OpenAlexafffundabout
Yi Fan, Andrew J. Forgie, Tingting Ju, Camila Schultz Marcolla, Tom Inglis, Lynn M. McMullen, Benjamin P. Willing, D.R. Korver

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSalmonella and Campylobacter epidemiology
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesAlberta Livestock and Meat AgencyCanadian Poultry Research Council
Mots-clésBroilerFlockBarnCampylobacter jejuniBiologyCampylobacterFood sciencePopulationUniFracDisinfectantGut floraVeterinary medicineAnimal scienceMicrobiologyBacteriaChemistryEcologyMedicineImmunologyEnvironmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract To maintain food safety and flock health in broiler chicken production, biosecurity approaches to keep chicken barns free of pathogens are important. Canadian broiler chicken producers must deep clean their barns with chemical disinfectants at least once annually (full disinfection; FD) and may wash with water (water-wash; WW) throughout the year. However, many producers use FD after each flock, assuming a greater efficacy of more stringent cleaning protocols, although little information is known regarding how these two cleaning practices affect pathogen population and gut microbiota. In the current study, a cross-over experiment over four production cycles was conducted in seven commercial chicken barns to compare WW and FD. We evaluated the effects of barn cleaning method on the commercial broiler performance, cecal microbiota composition, pathogen occurrence and abundance, as well as short-chain fatty acid concentrations in the month-old broiler gut. The 30-day body weight and mortality rate were not affected by the barn cleaning methods. The WW resulted in a modest but significant effect on the structure of broiler cecal microbiota (weighted-UniFrac; adonis p = 0.05, and unweighted-UniFrac; adonis p = 0.01), with notable reductions in Campylobacter jejuni occurrence and abundance. In addition, the WW group had increased cecal acetate, butyrate and total short-chain fatty acid concentrations, which were negatively correlated with C. jejuni abundance. Our results support the use of WW over FD to enhance the activity of the gut microbiota and potentially reduce zoonotic transmission of C. jejuni in broiler production without previous disease challenges.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,014

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,204
Écart entre enseignants0,183 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2021
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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