Screening of Primer Sets for Amplification Cyclic Lipopeptide Gene of <i>Bacillus</i> Against Banana Fusarium Wilt
Notice bibliographique
Résumé
Cyclic lipopeptides (CLPs) are a class of natural agricultural antibiotics produced by Bacillus , it plays an important role in the biological control using of Bacillus . In this study, 20 strains of Bacillus , including Bacillus amyloliquefaciens , Bacillus subtilis , Bacillus siamese , and Bacillus cereus were determined the antagonistic ability against to pathogenic fungi such as Foc 4 . PCR amplification was performed on 20 strains of Bacillus and 7 soil samples, by using the designed 14 pairs of primers for CLPs-related synthetase genes, including Bacillomycin, Fengycins, Iturins, Surfactin etc, screen CLPs primers that can be used for Bacillus and soil monitoring. The results showed that: a total of 16 Bacillus strains have the antagonistic activity against pathogens, and microscopic observation of the crude lipopeptide extract of fermentation broth of these Bacillus strains can destroy the biofilm system and cell wall of Foc4 , causing the mycelium and meristems to expand and deform; 12 pairs primers of this study ( BamD-F/R, BamA-F/R, FenA-F/R, FenB-F/R, 61FenA-F/R, 61FenB-F/R, ItuA-F/R, ItuB-F/R, ItuC-F/R, ItuD-F/R, SrfAA-F/R, SrfAB-F/R ) could effective amplify CLPs gene, and find that all of test Bacillus strains has the ItuC gene, there is a positive relationship between the antagonistic ability of Bacillus and the diversity and richness of CLPs genes, through PCR amplification of total soil DNA, it was found that the designed CLPs primers were feasible to monitor Bacillus in soil environment. It would be used as an important supplement to conventional plate counting and high-throughput sequencing methods, monitor and guide the application of Bacillus control soil-borne diseases of plants to provide theoretical support for further field.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».