Chromosome-level assembly reveals a putative Y-autosomal fusion in the sex determination system of the Greenland Halibut (<i>Reinhardtius hippoglossoides</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Despite the commercial importance of Greenland Halibut (Reinhardtius hippoglossoides), important gaps still persist in our knowledge of this species, including its reproductive biology and sex determination mechanism. Here, we combined single-molecule sequencing of long reads (Pacific Sciences) with chromatin conformation capture sequencing (Hi-C) data to assemble the first chromosome-level reference genome for this species. The high-quality assembly encompassed more than 598 Megabases (Mb) assigned to 1594 scaffolds (scaffold N50 = 25 Mb) with 96% of its total length distributed among 24 chromosomes. Investigation of the syntenic relationship with other economically important flatfish species revealed a high conservation of synteny blocks among members of this phylogenetic clade. Sex determination analysis revealed that similar to other teleost fishes, flatfishes also exhibit a high level of plasticity and turnover in sex determination mechanisms. A low-coverage whole-genome sequence analysis of 198 individuals revealed that Greenland Halibut possesses a male heterogametic XY system and several putative candidate genes implied in the sex determination of this species. Our study also suggests for the first time in flatfishes that a putative Y-autosomal fusion could be associated with a reduction of recombination typical of the early steps of sex chromosome evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».