Molecular divergence and gene flow in cold ocean tunicates: insights from cytochrome oxidase 1
Notice bibliographique
Résumé
Gaps in our ability to identify species and understand factors influencing the evolution of species ranges, limit the extent to which we can diagnose changes to ocean ecosystems that occur in response to anthropogenic stressors. DNA barcodes offer one method to facilitate our assessment and understanding of diversity. Tunicates are a group of marine invertebrates for which researchers have used the typical animal barcoding region of the cytochrome oxidase 1 (CO1) gene to identify cryptic species complexes and elucidate patterns of gene flow in non-indigenous ascidians. Waters surrounding Newfoundland contain several species of invasive ascidians and native appendicularian tunicates. My research utilized the CO1 animal barcoding region to explore the genetic structure of two cold ocean tunicates in Newfoundland waters, the native appendicularian tunicate, Oikopleura vanhoeffeni and the non-native ascidian Botryllus schlosseri. Specifically, I provide the first report of a partial CO1 sequence for O. vanhoeffeni and report on gene flow of B. schlosseri collected from Newfoundland waters. The CO1 gene proved unsuitable for further evaluation as a marker for species level identification in O. vanhoeffeni, because the presence of tandem repeat regions would require multiple primer pairs to amplify the CO1 barcoding region. Across Newfoundland harbours, considerable genetic structure among the 7 Botryllus schlosseri populations sampled indicates increasing genetic diversity from west to east. All of the B. schlosseri CO1 haplotypes identified in Newfoundland waters were recorded previously in Nova Scotian harbours, and a few in the Mediterranean Sea. Thus, regional boating traffic from mainland Atlantic Canada likely provided an important vector of introduction for this species in Newfoundland, but transoceanic and/or local boating traffic may play a role.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».