Insights on <i>mauritiana</i>-like elements diversity in <i>Mayetiola destructor</i> and <i>M. hordei</i> (Diptera: Cecidomyiidae)
Notice bibliographique
Résumé
Mariner-like elements (MLEs) are class II transposons belonging to the Tc1-mariner family that have successfully invaded many insect genomes. In the current study, the availability of the Hessian fly, Mayetiola destructor, genome has enabled us to perform in silico analysis of MLEs using a previously described mariner element (Desmar1) belonging to the mauritiana subfamily. Eighteen mauritiana-like elements were detected and clustered into three main groups: Desmar1-like, MauCons1, and MauCons2. Subsequently, in vitro analysis was carried out to investigate mauritiana-like elements in M. destructor as well as in Mayetiola hordei using primers designed from TIRs of previously identified MLEs. PCR amplifications were successful, and a total of 12 and 17 mauritiana-like elements were detected in M. destructor and M. hordei, respectively. Sequence analyses of mauritiana-like elements obtained in silico and in vitro have shown that MauCons1 and MauCons2 elements share low similarity with Desmar1 ranging from 50% to 55%, suggesting that different groups under the mauritiana subfamily have invaded the genomes of M. destructor and M. hordei. These groups were likely inherited by vertical transmission, which subsequently underwent different evolutionary histories. This work describes new mauritiana-like elements in M. destructor that are distinct from the previously discovered Desmar1 and provides the first evidence of MLEs belonging to the mauritiana subfamily in M. hordei.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».