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Evaluating the Reliability of Human Brain White Matter Tractometry

2021· article· en· W3214279120 sur OpenAlexaff
John Kruper, Jason D. Yeatman, Adam Richie-Halford, D. M. Bloom, Mareike Grotheer, Sendy Caffarra, Gregory Kiar, Iliana I. Karipidis, Ethan Roy, Bramsh Q. Chandio, Eleftherios Garyfallidis, Ariel Rokem

Notice bibliographique

RevueAperture Neuro · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdvanced Neuroimaging Techniques and Applications
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNIH Blueprint for Neuroscience ResearchNational Institute of Mental HealthNational Institutes of HealthNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringWashington Research FoundationAlfred P. Sloan FoundationUniversity of WashingtonMcDonnell Center for Systems NeuroscienceGordon and Betty Moore Foundation
Mots-clésHuman Connectome ProjectReliability (semiconductor)Computer scienceWhite matterNeuroimagingReproducibilityRobustness (evolution)Reliability engineeringDiffusion MRIPsychologyFunctional connectivityStatisticsNeuroscienceMathematicsMedicineMagnetic resonance imaging

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The validity of research results depends on the reliability of analysis methods. In recent years, there have been concerns about the validity of research that uses diffusion-weighted MRI (dMRI) to understand human brain white matter connections <italic>in vivo</italic>, in part based on the reliability of analysis methods used in this field. We defined and assessed three dimensions of reliability in dMRI-based tractometry, an analysis technique that assesses the physical properties of white matter pathways: (1) reproducibility, (2) test-retest reliability, and (3) robustness. To facilitate reproducibility, we provide software that automates tractometry (<ext-link xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" ext-link-type="uri" xlink:href="https://yeatmanlab.github.io/pyAFQ">https://yeatmanlab.github.io/pyAFQ</ext-link>). In measurements from the Human Connectome Project, as well as clinical-grade measurements, we find that tractometry has high test-retest reliability that is comparable to most standardized clinical assessment tools. We find that tractometry is also robust: showing high reliability with different choices of analysis algorithms. Taken together, our results suggest that tractometry is a reliable approach to analysis of white matter connections. The overall approach taken here both demonstrates the specific trustworthiness of tractometry analysis and outlines what researchers can do to establish the reliability of computational analysis pipelines in neuroimaging.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,812
Score d'incertitude au seuil0,329

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,095
Tête enseignante GPT0,430
Écart entre enseignants0,334 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations82
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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