Detection and Genomic Characterization of Senecavirus from Indian Pigs
Notice bibliographique
Résumé
Background: Senecavirus A (SVA), is a positive sense small non-enveloped RNA virus which belongs to Picornaviridae family and is responsible for porcine vesicular disease. The disease has been reported in many countries since late 2014, 2015 and 2016 like USA, Canada, Brazil, China and Thailand. Methods: In this study, the metagenomic study was performed on faecal samples of pigs/piglets suffering from diarrhea in Haryana, India with the help of next generation sequencing. The cDNA library was prepared from the faecal samples and run on the Illumina MiSeq instrument followed by identification and genomic characterization. Result: This study revealed the presence of SVA in the samples. The characterization of complete genome sequence of this strain showed complete nucleotide identity (100%) with SVA genomes reported from Canada, however, the polyprotein shares 98-99% amino acid sequence similarity with the genomes currently available in the GenBank. To the best of our knowledge this is the first report of SVA infection in pigs/piglets of Haryana, India. It demonstrates that an active and urgent surveillance of the swine population is required in the region. Additionally, the veterinarians must pay immediate attention to this vesicular disease and adopt preventive measures for its control.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».