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Enregistrement W3214987028 · doi:10.1126/sciadv.abj5629

Integrated immunovirological profiling validates plasma SARS-CoV-2 RNA as an early predictor of COVID-19 mortality

2021· article· en· W3214987028 sur OpenAlexafffund
Elsa Brunet‐Ratnasingham, Sai Priya Anand, Pierre Gantner, Alina Dyachenko, Gaël Moquin‐Beaudry, Nathalie Brassard, Guillaume Beaudoin-Bussières, Amélie Pagliuzza, Romain Gasser, Mehdi Benlarbi, Floriane Point, Jérémie Prévost, Annemarie Laumaea, Julia Niessl, Manon Nayrac, Gérémy Sannier, Catherine Orban, Marc Messier-Peet, Guillaume Butler‐Laporte, David Morrison, Sirui Zhou, Tomoko Nakanishi, Marianne Boutin, Jade Descôteaux-Dinelle, Gabrielle Gendron‐Lepage, Guillaume Goyette, Catherine Bourassa, Halima Medjahed, Lætitia Laurent, Rose‐Marie Rébillard, Jonathan Richard, Mathieu Dubé, Rémi Fromentin, Nathalie Arbour, Alexandre Prat, Catherine Larochelle, Madéleine Durand, J. Brent Richards, Michaël Chassé, Martine Tétreault, Nicolas Chomont, Andrés Finzi, Daniel E. Kaufmann

Notice bibliographique

RevueScience Advances · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCOVID-19 Clinical Research Studies
Établissements canadiensJewish General HospitalUniversité de MontréalMcGill UniversityCentre Hospitalier de l’Université de Montréal
Organismes subventionnairesFonds de Recherche du Québec - SantéCanadian Institutes of Health ResearchU.S. Military HIV Research ProgramUniversité de MontréalGénome QuébecNational Institutes of HealthPublic Health Agency of CanadaCancer Research UKGlaxoSmithKlinePublic Health AgencyamfAR, The Foundation for AIDS Research
Mots-clésCoronavirus disease 2019 (COVID-19)Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)2019-20 coronavirus outbreakProfiling (computer programming)VirologyBetacoronavirusMedicineSars virusInternal medicineComputer scienceOutbreakInfectious disease (medical specialty)Disease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Despite advances in COVID-19 management, identifying patients evolving toward death remains challenging. To identify early predictors of mortality within 60 days of symptom onset (DSO), we performed immunovirological assessments on plasma from 279 individuals. On samples collected at DSO11 in a discovery cohort, high severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) viral RNA (vRNA), low receptor binding domain–specific immunoglobulin G and antibody-dependent cellular cytotoxicity, and elevated cytokines and tissue injury markers were strongly associated with mortality, including in patients on mechanical ventilation. A three-variable model of vRNA, with predefined adjustment by age and sex, robustly identified patients with fatal outcome (adjusted hazard ratio for log-transformed vRNA = 3.5). This model remained robust in independent validation and confirmation cohorts. Since plasma vRNA’s predictive accuracy was maintained at earlier time points, its quantitation can help us understand disease heterogeneity and identify patients who may benefit from new therapies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,098
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Études des sciences et des technologies
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,098
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,098
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0000,004
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,123
Tête enseignante GPT0,486
Écart entre enseignants0,363 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations54
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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