Abstract 13792: Integration of Proteomic and Transcriptomic Signatures in the Failing Right Ventricle of Rats With Monocrotaline Induced Pulmonary Arterial Hypertension
Notice bibliographique
Résumé
Pulmonary arterial hypertension (PAH) is a chronic disease characterized by cellular remodeling in the pulmonary circulation. Pulmonary vascular obstruction, stiffening and constriction elevate pulmonary artery pressure and right ventricular (RV) afterload leading to failure (RVF). In a model of PAH induced by injection of monocrotaline (MCT, 60mg/kg sc) RV decompensation was confirmed. Then the RV proteome was analyzed using Mass Spectrometry (LC-MSMS). Proteomics revealed 1,277 differentially regulated proteins. Integration of this proteome with our previously published transcriptomic study of RVs harvested from an independent group of rats with MCT-induced PAH revealed 410 common targets, 15 of which were both highly enriched at protein (corrected q -values <0.05) and mRNA level (corrected p-adjust <0.05 ). Most regulated pairs were increased in RVF, including: Atrial natriuretic peptide protein (7.55-fold, transcript = 4.19-fold), Thrombospondin-4 protein (5.56-fold, transcript = 4.4-fold), Periostin (protein = 3.83-fold, transcript = 4.56-fold), Latent transforming growth factor beta binding protein 2 (2.67-fold, transcript = 4.16-fold), Heme oxygenase 1 (4.59-fold, transcript = 2.05-fold), Transforming Growth Factor Beta-1-Induced Transcript 4 Protein (3.82-fold, transcript = 2.1-fold), Transmembrane glycoprotein NMB (3.21-fold, transcript = 2.35-fold), S100 calcium-binding protein A4 (2.43-fold, transcript = 1.93-fold), Collagen XVIII, alpha 1 (2.59-fold, transcript = 1.61-fold), Ankyrin repeat domain 2 (4.04-fold, transcript = 2.49-fold), Procollagen-Lysine 2-Oxoglutarate 5-Dioxygenase 1, (6.89-fold, transcript = 2.3-fold), Tenascin-C (5.18-fold, transcript = 2.53-fold). In contrast, ATPase Na+/K+ Transporting Subunit Alpha 2 3.47 (protein = 3.47-fold, transcript = 2.23-fold) and Glutathione S-Transferase Zeta 1 (protein = 1.97-fold, transcript = 2.38-fold) were downregulated in RVF. A functional analysis of this list of regulated protein/transcript pairs revealed enriched functions include mitochondrial metabolism, cellular respiration and purine metabolism. Our integrated multiomic approach is validated by independent datasets and provides a molecular context for RVF in MCT-induced PAH.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».