RNA-Seq Analysis Reveals an Essential Role of the Tyrosine Metabolic Pathway and Inflammation in Myopia-Induced Retinal Degeneration in Guinea Pigs
Notice bibliographique
Résumé
Myopia is the second leading cause of visual impairment globally. Myopia can induce sight-threatening retinal degeneration and the underlying mechanism remains poorly defined. We generated a model of myopia-induced early-stage retinal degeneration in guinea pigs and investigated the mechanism of action. Methods: The form-deprivation-induced myopia (FDM) was induced in the right eyes of 2~3-week-old guinea pigs using a translucent balloon for 15 weeks. The left eye remained untreated and served as a self-control. Another group of untreated age-matched animals was used as naïve controls. The refractive error and ocular biometrics were measured at 3, 7, 9, 12 and 15 weeks post-FDM induction. Visual function was evaluated by electroretinography. Retinal neurons and synaptic structures were examined by confocal microscopy of immunolabelled retinal sections. The total RNAs were extracted from the retinas and processed for RNA sequencing analysis. Results: The FDM eyes presented a progressive axial length elongation and refractive error development. After 15 weeks of intervention, the average refractive power was −3.40 ± 1.85 D in the FDM eyes, +2.94 ± 0.59 D and +2.69 ± 0.56 D in the self-control and naïve control eyes, respectively. The a-wave amplitude was significantly lower in FDM eyes and these eyes had a significantly lower number of rods, secretagogin+ bipolar cells, and GABAergic amacrine cells in selected retinal areas. RNA-seq analysis showed that 288 genes were upregulated and 119 genes were downregulated in FDM retinas compared to naïve control retinas. In addition, 152 genes were upregulated and 12 were downregulated in FDM retinas compared to self-control retinas. The KEGG enrichment analysis showed that tyrosine metabolism, ABC transporters and inflammatory pathways were upregulated, whereas tight junction, lipid and glycosaminoglycan biosynthesis were downregulated in FDM eyes. Conclusions: The long-term (15-week) FDM in the guinea pig models induced an early-stage retinal degeneration. The dysregulation of the tyrosine metabolism and inflammatory pathways may contribute to the pathogenesis of myopia-induced retinal degeneration.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».