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Enregistrement W3215418111 · doi:10.1021/acs.analchem.1c02660

An Introduction to the Benchmarking and Publications for Non-Targeted Analysis Working Group

2021· article· en· W3215418111 sur OpenAlexafffund
Benjamin J. Place, Elin M. Ulrich, Jonathan K. Challis, Alex Chao, Bowen Du‌, Kristin Favela, Yong‐Lai Feng, Christine M. Fisher, Piero R. Gardinali, Alan M. Hood, Ann M. Knolhoff, Andrew D. McEachran, Sara L. Nason, Seth Newton, Brian Ng, Jamie Nuñez, Katherine T. Peter, Allison L. Phillips, Natalia Quinete, Ryan Renslow, Jon R. Sobus, Eric M. Sussman, Benedikt Warth, Samanthi Wickramasekara, Antony Williams

Notice bibliographique

RevueAnalytical Chemistry · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensHealth CanadaUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Institute of Food and AgricultureNational Institute of Standards and Technology
Mots-clésBenchmarkingHarmonizationConsistency (knowledge bases)Data scienceVariety (cybernetics)DisseminationStandardizationSet (abstract data type)ChemistryComputer scienceManagement scienceEngineeringBusiness

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Non-targeted analysis (NTA) encompasses a rapidly evolving set of mass spectrometry techniques aimed at characterizing the chemical composition of complex samples, identifying unknown compounds, and/or classifying samples, without prior knowledge regarding the chemical content of the samples. Recent advances in NTA are the result of improved and more accessible instrumentation for data generation and analysis tools for data evaluation and interpretation. As researchers continue to develop NTA approaches in various scientific fields, there is a growing need to identify, disseminate, and adopt community-wide method reporting guidelines. In 2018, NTA researchers formed the Benchmarking and Publications for Non-Targeted Analysis Working Group (BP4NTA) to address this need. Consisting of participants from around the world and representing fields ranging from environmental science and food chemistry to 'omics and toxicology, BP4NTA provides resources addressing a variety of challenges associated with NTA. Thus far, BP4NTA group members have aimed to establish a consensus on NTA-related terms and concepts and to create consistency in reporting practices by providing resources on a public Web site, including consensus definitions, reference content, and lists of available tools. Moving forward, BP4NTA will provide a setting for NTA researchers to continue discussing emerging challenges and contribute to additional harmonization efforts.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,189
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,238
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,189
Score d'incertitude au seuil0,998

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1890,238
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0040,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,004
Bibliométrie0,0240,023
Études des sciences et des technologies0,0060,004
Communication savante0,0260,018
Science ouverte0,0110,019
Intégrité de la recherche0,0090,009
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0550,061

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations73
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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