Patient health records and whole viral genomes from an early SARS-CoV-2 outbreak in a Quebec hospital reveal features associated with favorable outcomes
Notice bibliographique
Résumé
The first confirmed case of COVID-19 in Quebec, Canada, occurred at Verdun Hospital on February 25, 2020. A month later, a localized outbreak was observed at this hospital. We performed tiled amplicon whole genome nanopore sequencing on nasopharyngeal swabs from all SARS-CoV-2 positive samples from 31 March to 17 April 2020 in 2 local hospitals to assess viral diversity (unknown at the time in Quebec) and potential associations with clinical outcomes. We report 264 viral genomes from 242 individuals-both staff and patients-with associated clinical features and outcomes, as well as longitudinal samples and technical replicates. Viral lineage assessment identified multiple subclades in both hospitals, with a predominant subclade in the Verdun outbreak, indicative of hospital-acquired transmission. Dimensionality reduction identified two subclades with mutations of clinical interest, namely in the Spike protein, that evaded supervised lineage assignment methods-including Pangolin and NextClade supervised lineage assignment tools. We also report that certain symptoms (headache, myalgia and sore throat) are significantly associated with favorable patient outcomes. Our findings demonstrate the strength of unsupervised, data-driven analyses whilst suggesting that caution should be used when employing supervised genomic workflows, particularly during the early stages of a pandemic.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».