JASPAR 2022: the 9th release of the open-access database of transcription factor binding profiles

2021· article· en· 2 145 citations· W3215596355 sur OpenAlex· 10.1093/nar/gkab1113

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,121

Tête enseignante GPT0,412

Écart entre enseignants: 0,291 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

JASPAR (http://jaspar.genereg.net/) is an open-access database containing manually curated, non-redundant transcription factor (TF) binding profiles for TFs across six taxonomic groups. In this 9th release, we expanded the CORE collection with 341 new profiles (148 for plants, 101 for vertebrates, 85 for urochordates, and 7 for insects), which corresponds to a 19% expansion over the previous release. We added 298 new profiles to the Unvalidated collection when no orthogonal evidence was found in the literature. All the profiles were clustered to provide familial binding profiles for each taxonomic group. Moreover, we revised the structural classification of DNA binding domains to consider plant-specific TFs. This release introduces word clouds to represent the scientific knowledge associated with each TF. We updated the genome tracks of TFBSs predicted with JASPAR profiles in eight organisms; the human and mouse TFBS predictions can be visualized as native tracks in the UCSC Genome Browser. Finally, we provide a new tool to perform JASPAR TFBS enrichment analysis in user-provided genomic regions. All the data is accessible through the JASPAR website, its associated RESTful API, the R/Bioconductor data package, and a new Python package, pyJASPAR, that facilitates serverless access to the data.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

La notice

Revue: Nucleic Acids Research
Thématique: RNA modifications and cancer
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: BC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnaires: European Research CouncilBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilHelse Sør-Øst RHFMedical Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchUniversitetet i OsloNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversiteit GentKreftforeningenNorges ForskningsrådNovo Nordisk FondenInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleCarlsbergfondetNational Human Genome Research InstituteAgence Nationale de la RechercheWellcome Trust
Mots-clés: BiologyTranscription factorDatabaseTranscription (linguistics)Computational biologyGeneticsGeneComputer science
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W3215596355