Polyethylene glycol (PEG) methods are superior to acidification for secondary concentration of Adenovirus and MS2 in water
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Enteric viruses are a leading cause of waterborne illness worldwide and surveillance studies lack standardization in method selection. The most common and cost-effective approach to concentrating viruses from water samples involves virus adsorption and elution (VIRADEL) procedures, followed by secondary concentration. There is a lack of consistency in how secondary concentration methods are practiced and some methods may have better recovery for particular groups of viruses. Secondary concentration methods typically involve precipitation and the most common methods employ organic flocculation (OF) by acidification at a pH of 3.5, or precipitation by polyethylene glycol (PEG) in combination with the addition of NaCl. In this study, the recovery of coliphage MS2 using the plaque assay and human adenovirus strain 41 (HAdV41) using cell-culture and qPCR assays were evaluated by OF and PEG secondary concentration of spiked samples of wastewater, surface water, and groundwater. The recovery of MS2 and HAdV41 by PEG precipitation was significantly higher than that by OF ( p <0.0001) when viruses were detected by culture based methods and marginally better when HAdV41 was enumerated by qPCR ( p <0.019). The recovery of HAdV41 by qPCR ranged from 75.3% to 94.4% ( n =36). The mean recovery of MS2 by OF was 4.4% (0.9%-7.7%; n =14) and ranged from 57.1% to 87.9% ( n =28) for the PEG methods. The poor recovery of MS2 by OF was attributed to inactivation or poor stability at acidic conditions as MS2 were not recovered in the supernatant following OF and centrifugation. The inconsistency and lack of justification for method selection in many studies calls for a systematic study to inform guidance and standardization with respect to the application of concentration methods for various water types and viral pathogens. IMPORTANCE MS2 should not be used as a process control for methods involving acidification and culture-based detection. The dense floc produced by the PEG method may have contributed to higher recoveries as the pellet was more compact and stable than the loose pellet formed by OF. Standard methods for the detection of enteric viruses and surrogates that involve acidification could be modified with PEG precipitation to uphold virus recovery and minimize inactivation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».