Laboratory Performance and Clinical Correlation of Real-time Polymerase Chain Reaction as a Diagnostic Test for Bordetella Pertussis Isolated from Patients in Oman
Notice bibliographique
Résumé
Objectives: To evaluate real-time polymerase chain reaction (PCR) as a diagnostic tool for pertussis (whooping cough), vis-à-vis culture, the long-time gold standard, with emphasis on the importance of clinical correlation in determining specificity. Methods: Nasopharyngeal/throat swab samples in charcoal media received from all over Oman at Central Public Health Laboratories from January 2014 to December 2016 were included in this study. These samples were tested using both culture and real-time PCR. PCR was compared with culture to calculate its sensitivity and specificity. Further clinical correlation was conducted for the discrepant cases using different case definitions. Results: A total of 590 nasopharyngeal/throat samples were included in the study. Out of the 590 samples, 73 were positive by PCR compared with 26 positive samples by culture (which were also positive by PCR). The sensitivity and specificity of PCR compared with those of culture were 100% (95% CI: 86.77-100) and 91.7% (95% CI: 89.07-93.81), respectively. To rule out false-positive results by PCR, clinical correlation was performed. Out of 47 cases that were positive by PCR but negative by culture, 44 cases were clinically evaluated by accessing clinical details. Out of these 44 cases, 21 (47.7%) met the pertussis clinical criteria according to the CDC-2014 case definition, 41 (93.2%) according to the Europe-2008 case definition, and 44 (100%) according to the Canada-2009 and Australia-2014 case definitions. With only positive PCR, these cases were classified as confirmed according to these case definitions, which increased the specificity of PCR to 95.7-100%. The mean turnaround time was 3.5 days for PCR compared to 6.2 days for culture. Conclusions: infection. Based on our results, we recommend setting up PCR diagnostic facilities in regional hospitals in Oman as this will lead to a timely and accurate diagnosis of pertussis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».