GeneCloudOmics: A Data Analytic Cloud Platform for High-Throughput Gene Expression Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Gene expression profiling techniques, such as DNA microarray and RNA-Sequencing, have provided significant impact on our understanding of biological systems. They contribute to almost all aspects of biomedical research, including studying developmental biology, host-parasite relationships, disease progression and drug effects. However, the high-throughput data generations present challenges for many wet experimentalists to analyze and take full advantage of such rich and complex data. Here we present GeneCloudOmics, an easy-to-use web server for high-throughput gene expression analysis that extends the functionality of our previous ABioTrans with several new tools, including protein datasets analysis, and a web interface. GeneCloudOmics allows both microarray and RNA-Seq data analysis with a comprehensive range of data analytics tools in one package that no other current standalone software or web-based tool can do. In total, GeneCloudOmics provides the user access to 23 different data analytical and bioinformatics tasks including reads normalization, scatter plots, linear/non-linear correlations, PCA, clustering (hierarchical, k-means, t-SNE, SOM), differential expression analyses, pathway enrichments, evolutionary analyses, pathological analyses, and protein-protein interaction (PPI) identifications. Furthermore, GeneCloudOmics allows the direct import of gene expression data from the NCBI Gene Expression Omnibus database. The user can perform all tasks rapidly through an intuitive graphical user interface that overcomes the hassle of coding, installing tools/packages/libraries and dealing with operating systems compatibility and version issues, complications that make data analysis tasks challenging for biologists. Thus, GeneCloudOmics is a one-stop open-source tool for gene expression data analysis and visualization. It is freely available at http://combio-sifbi.org/GeneCloudOmics.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,014 | 0,014 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».