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Enregistrement W3216466539 · doi:10.1101/2021.11.22.469473

Genomic regions associated with chocolate spot ( <i>Botrytis fabae</i> Sard.) resistance in faba bean ( <i>Vicia faba</i> L.)

2021· preprint· en· W3216466539 sur OpenAlexafffund
Tadesse S. Gela, Margaret Bruce, Wei Chang, Frederick L. Stoddard, Alan H. Schulman, Albert Vandenberg, Hamid Khazaeı

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueGenetic and Environmental Crop Studies
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesSaskatchewan Pulse GrowersAcademy of FinlandInnovationsfondenWestern Grains Research FoundationUniversity of Saskatchewan
Mots-clésVicia fabaQuantitative trait locusBiologyCultivarPlant disease resistancePopulationGeneticsHorticultureAgronomyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Chocolate spot (CS), caused by Botrytis fabae Sard., is an important threat to global faba bean production. Growing resistant faba bean cultivars is, therefore, paramount to preventing yield loss. To date, there have been no reported quantitative trait loci (QTLs) associated with CS resistance in faba bean. The objective of this study was to identify genomic regions associated with CS resistance using a recombinant inbred line (RIL) population derived from resistant accession ILB 938. A total of 165 RILs from the cross Mélodie/2 × ILB 938/2 were genotyped and evaluated for CS reactions under replicated controlled climate conditions. QTL analysis identified five loci contributing to CS resistance on faba bean chromosomes 1 and 6, accounting for 5.0–23.4% of the total phenotypic variance. The sequences of SNP markers linked to resistance QTLs on chromosome 1 that have the largest effects encode multiple classes of putative disease and/or defense-related genes. The results of this study not only provide insight into disease-resistance QTLs, but also can be used as potential targets for marker-assisted breeding in faba bean genetic improvement for CS resistance. Key message QTL mapping identified key genomic regions associated with chocolate spot resistance on faba bean chromosomes 1 and 6, which may serve as novel genetic tools to develop disease-resistant faba bean cultivars.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,011

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,177
Écart entre enseignants0,164 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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