Trends in the molecular epidemiology and population genetics of emerging<i>Sporothrix</i>species
Notice bibliographique
Résumé
Paracoccidioidomycosis (PCM) is a life-threatening systemic fungal infection acquired after inhalation ofParacoccidioidespropagules from the environment. The main agents include members of theP. brasiliensiscomplex (phylogenetically-defined species S1, PS2, PS3, and PS4) andP. lutzii. DNA-sequencing of protein-coding loci (e.g.,GP43,ARF, andTUB1) is the reference method for recognizingParacoccidioidesspecies due to a lack of robust phenotypic markers. Thus, developing new molecular markers that are informative and cost-effective is key to providing quality information to explore genetic diversity withinParacoccidioides. We report using new amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers and mating-type analysis for genotypingParacoccidioidesspecies. The bioinformatic analysis generated 144in silicoAFLP profiles, highlighting two discriminatory primer pairs combinations (#1 EcoRI-AC/MseI-CT and #2 EcoRI-AT/MseI-CT). The combinations #1 and #2 were usedin vitroto genotype 165Paracoccidioidesisolates recovered from across a vast area of South America. Considering the overall scored AFLP markersin vitro(67-87 fragments), the values of polymorphism information content (PIC= 0.3345-0.3456), marker index (MI= 0.0018), effective multiplex ratio (E= 44.6788-60.3818), resolving power (Rp= 22.3152-34.3152), discriminating power (D= 0.5183-0.5553), expected heterozygosity (H= 0.4247-0.4443), and mean heterozygosity (Havp = 0.00002-0.00004), demonstrated the utility of AFLP markers to speciateParacoccidioidesand to dissect both deep and fine-scale genetic structures. Analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that the total genetic variance (65-66 %) was due to variability amongP. brasiliensiscomplex andP. lutzii(PhiPT = 0.651-0.658,P < 0.0001), supporting a highly structured population. Heterothallism was the exclusive mating strategy, and the distributions ofMAT1-1orMAT1-2idiomorphs were not significantly skewed (1:1 ratio) forP. brasiliensis s. str.(χ2= 1.025;P= 0.3113),P. venezuelensis(χ2= 0.692;P= 0.4054), andP. lutzii(χ2= 0.027;P= 0.8694), supporting random mating within each species. In contrast, skewed distributions were found forP. americana(χ2= 8.909;P= 0.0028) andP. restrepiensis(χ2= 4.571;P= 0.0325) with a preponderance ofMAT1-1. Geographical distributions confirmed thatP. americana,P. restrepiensis, andP. lutziiare more widespread than previously thought.P. brasiliensis s. str.is by far the most widely occurring lineage in Latin America countries, occurring in all regions of Brazil. Our new DNA fingerprint assay proved to be rapid, reproducible, and highly discriminatory, to give insights into the taxonomy, ecology, and epidemiology ofParacoccidioidesspecies, guiding disease-control strategies to mitigate PCM.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».