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Enregistrement W3216890624 · doi:10.3389/fphar.2021.773875

Bias, Precision and Timeliness of Historical (Background) Rate Comparison Methods for Vaccine Safety Monitoring: An Empirical Multi-Database Analysis

2021· article· en· W3216890624 sur OpenAlexaff
Xintong Li, Lana Yin Hui Lai, Anna Ostropolets, Faaizah Arshad, Eng Hooi Tan, Paula Casajust, Thamir M. Alshammari, Talita Duarte‐Salles, Evan Minty, Carlos Areia, Nicole Pratt, Patrick Ryan, George Hripcsak, Marc A. Suchard, Martijn J. Schuemie, Daniel Prieto‐Alhambra

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Pharmacology · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineSocial Sciences
ThématiqueVaccine Coverage and Hesitancy
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesU.S. National Library of MedicineNational Health and Medical Research CouncilMedical Research CouncilNational Institute for Health and Care Research
Mots-clésComparabilityType I and type II errorsStatisticsMedicineCalibrationWord error rateResidualComputer scienceEconometricsData miningMathematicsArtificial intelligenceAlgorithm

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Using real-world data and past vaccination data, we conducted a large-scale experiment to quantify bias, precision and timeliness of different study designs to estimate historical background (expected) compared to post-vaccination (observed) rates of safety events for several vaccines. We used negative (not causally related) and positive control outcomes. The latter were synthetically generated true safety signals with incident rate ratios ranging from 1.5 to 4. Observed vs. expected analysis using within-database historical background rates is a sensitive but unspecific method for the identification of potential vaccine safety signals. Despite good discrimination, most analyses showed a tendency to overestimate risks, with 20%-100% type 1 error, but low (0% to 20%) type 2 error in the large databases included in our study. Efforts to improve the comparability of background and post-vaccine rates, including age-sex adjustment and anchoring background rates around a visit, reduced type 1 error and improved precision but residual systematic error persisted. Additionally, empirical calibration dramatically reduced type 1 to nominal but came at the cost of increasing type 2 error.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,403
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,573
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,597
Score d'incertitude au seuil0,737

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,4030,573
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,005
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,003
Communication savante0,0030,003
Science ouverte0,0020,003
Intégrité de la recherche0,0030,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,145
Tête enseignante GPT0,497
Écart entre enseignants0,353 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
DomaineMéthodes
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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