Gut transcriptome reveals differential gene expression and enriched pathways linked to immune activation in response to weaning in pigs
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Weaning represents one of the most critical periods in pig production associated with increase in disease risk, reduction in performance and economic loss. Physiological changes faced by piglets during the weaning period have been well characterised, however little is currently known about the underlying molecular pathways involved in these processes. As pig meat remains one of the most consumed sources of protein worldwide, understanding how these changes are mediated is critical to improve pig production and consequently sustainable food production globally. In this study, we evaluated the effect of weaning on transcriptomic changes in the colon of healthy piglets over time using an RNA-sequencing approach. The findings revealed a complex and coordinated response to weaning with the majority of genes found to be rapidly differentially expressed within one day post weaning. Multiple genes and pathways affected by weaning in the colon were associated with immune regulation, cell signalling and bacterial defence. NOD-like receptors, Toll-like receptor and JAK-STAT signalling pathways were amongst the pathways significantly enriched. Immune activation was evidenced by the enrichment of pathways involved in interferon response, cytokines interactions, oxidoreductase activities and response to microbial invasion. Biosynthesis of amino acids, in particular arginine, was also amongst the most enriched KEGG pathways in weaned pigs, reinforcing the critical role of arginine in gut homeostasis under stress conditions. Overall, transcriptomic and physiological results suggest that pigs going through the weaning transition undergo a transient period of inflammatory state with a temporary breakdown of barrier functions in the gut. These findings could provide valuable tools to monitor host response post weaning, and may be of particular relevance for the investigation and development of intervention strategies aimed to reduce antibiotic use and improve pig health and performance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Observationnel | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Expérimental (laboratoire) | low |
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Les modèles divergent sur des parties de cette classification; chaque voix est préservée dans la section en fin de page.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».