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Enregistrement W3217237666 · doi:10.1101/2021.11.17.21266471

SeroTracker-RoB: a decision rule-based algorithm for reproducible risk of bias assessment of seroprevalence studies

2021· preprint· en· W3217237666 sur OpenAlexafffund
Niklas Bobrovitz, Kim C. Noël, Zihan Li, Christian Cao, Gabriel Deveaux, Anabel Selemon, David A. Clifton, Mercedes Yanes‐Lane, Tingting Yan, Rahul K. Arora

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueViral Infections and Outbreaks Research
Établissements canadiensMcGill UniversityUniversity of WaterlooUniversity of TorontoMcGill University Health CentreUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesHealth CanadaUniversity of OxfordBill and Melinda Gates Foundation
Mots-clésReliability (semiconductor)AlgorithmChecklistComputer scienceCritical appraisalIntraclass correlationSet (abstract data type)Data miningMathematicsStatisticsMedicinePsychology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Background Risk of bias (RoB) assessments are a core element of evidence synthesis but can be time consuming and subjective. We aimed to develop a decision rule-based algorithm for RoB assessment of seroprevalence studies. Methods We developed the SeroTracker-RoB algorithm. The algorithm derives seven objective and two subjective critical appraisal items from the Joanna Briggs Institute Critical Appraisal Checklist for Prevalence studies and implements decision rules that determine study risk of bias based on the items. Decision rules were validated using the SeroTracker seroprevalence study database, which included non-algorithmic RoB judgements from two reviewers. We quantified efficiency as the mean difference in time for the algorithmic and non-algorithmic assessments of 80 randomly selected articles, coverage as the proportion of studies where the decision rules yielded an assessment, and reliability using intraclass correlations comparing algorithmic and non-algorithmic assessments for 2,070 articles. Results A set of decision rules with 61 branches was developed using responses to the nine critical appraisal items. The algorithmic approach was faster than non-algorithmic assessment (mean reduction 2.32 minutes [SD 1.09] per article), classified 100% (n=2,070) of studies, and had good reliability compared to non-algorithmic assessment (ICC 0.77, 95% CI 0.74-0.80). We built the SeroTracker-RoB Excel Tool which embeds this algorithm for use by other researchers. Conclusions The SeroTracker-RoB decision-rule based algorithm was faster than non-algorithmic assessment with complete coverage and good reliability. This algorithm enabled rapid, transparent, and reproducible RoB evaluations of seroprevalence studies and may support evidence synthesis efforts during future disease outbreaks. This decision rule-based approach could be applied to other types of prevalence studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,434
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,147
Tête enseignante GPT0,451
Écart entre enseignants0,303 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2021
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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