Accumulation of somatic mutations leads to genetic mosaicism in cannabis
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Cannabis (Cannabis sativa L.) is typically propagated using stem cuttings taken from mother plants to produce genetically uniform propagules. However, producers anecdotally report that clonal lines deteriorate over time and eventually produce clones with less vigor and lower cannabinoid levels than the original mother plant. While the cause of this deterioration has not been investigated, one potential contributor is the accumulation of somatic mutations within the plant. To test this, we used deep sequencing of whole genomes (>50×) to compare the variability within an individual cannabis cultivar Honey Banana plant sampled at the bottom, middle, and top. We called over six million sequence variants based on a reference genome and found that the top had the most by a sizable amount. Comparing the variants among the samples uncovered that nearly 600,000 (34%) were unique to the top while the bottom only contained 148,000 (12%), and middle with 77,000 (9%) unique variants. Bioinformatics tools were used to identify mutations in critical cannabinoid-terpene biosynthesis pathways. While none were identified as high impact, four genes contained more than double the average level of nucleotide diversity (π) in or near the gene. Two genes code for essential enzymes required for the cannabinoid pathway while the other two are in the terpene pathways, demonstrating that mutations were accumulating within these pathways and could influence their function. Overall, a measurable number of intraplant genetic diversity was discovered that could impact long-term genetic fidelity of clonal lines and potentially contribute to the observed decline in vigor and cannabinoid content.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle