Haplotype distribution of SARS-CoV-2 variants in low and high vaccination rate countries during ongoing global COVID-19 pandemic in early 2021
Notice bibliographique
Résumé
The widespread severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) continuously impacts our economic and public health. The potential of emerging variants to increase transmissibility and evade vaccine-induced immunity lets us put more effort to research on viral mutations and explore the pathogenic haplotypes. In this study, we characterized the haplotype and sub-haplotype diversity of SARS-CoV-2 global variants in January-March and the areas with low and high COVID19 vaccination rates in May 2021 by analyzing viral proteome of complete genome sequences published. Phylogenetic tree analysis of the proteomes of SARS-CoV-2 variants with Neighbor-Joining and Maximum Parsimony methods indicated that haplotype 2 variant with nsp12 P323L and Spike D614G was dominant (98.81%), including new sub-haplotypes 2A_1 to 2A_3, 2B_1 to 2B_3, and 2C_1 to 2C_2 emerged post-one-year COVID-19 outbreak. In addition, the profiling of sub-haplotypes indicated that sub-haplotype 2A_1 with the mutations at N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, and D118H in Spike was over 58% in May 2021 in the high partly vaccinated rate group (US, Canada, and Germany). Meanwhile, the new haplotype 2C_3 bearing the mutations at EFR156-158del, T19R, A222V, L452R, T478K, and D614G in Spike occupied over 54.8% in May 2021 in the low partly vaccinated rate group (India, Malaysia, Taiwan, and Vietnam). Sub-haplotypes 2A_1 and 2C_3 had a meaningful alternation of ACE2-specific recognition site, neutralization epitopes, and furin cleavage site in SARS-CoV-2 Spike protein. The results discovered the haplotype diversity and new sub-haplotypes of SARS-CoV-2 variants post one-year pandemic in January-March 2021, showing the profiles of sub-haplotypes in the groups with low and high partly vaccinated rates in May 2021. The study reports the emergence of new SARS-CoV-2 sub-haplotypes during ongoing pandemic and vaccination in early 2021, which might help inform the response to vaccination strategies.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».