Graphical User Interface on Analysis of Mechanics and Dynamics of Biopolymers in Living Cells
Notice bibliographique
Résumé
The mechanical properties of cells depend on the qualities of filamentous-actin (f-actin for short), among other cytoskeletal polymers. The ability to quickly determine f-actin qualities in a sample will help cellular biologists with cytoskeletal protein research. The goal of this project is to create a Matlab program which would allow researchers to determine, with limited manual input, the average filament length and persistence lengths of selected filaments. Through the graphical user interface, the user loads the image stack and can optimize the tracking result by altering several expectations of the program such as the expected contrast between the filament and background. The interface prompts users to select filaments of interest and gives the option of modifying the tracking solution by shortening it as well as retracking with a different contrast. The details of the filament tracking software can be found on the abstract, The Analysis of Mechanics and Dynamics of Biopolymers in Living Cells. The program will calculate basic statistics, mean and standard deviation, on the elongation and persistence lengths of all selected filaments and save them to a text file. Using this relatively automated program, researchers will be able to analyze a higher percentage of their data at a much lower cost to their time. Additional work would include further increasing how automatic this program is by eliminating the need for the user to select filaments of interest, allowing the program to track over many frames and by increasing the accuracy of the tracking program.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,488 | 0,077 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».