Probing the acyl‐binding pocket of aminoacylase‐1
Notice bibliographique
Résumé
In the metallopeptidase family M20, remodeling of a common scaffold has given rise to various amidohydrolases that feature a homodimerization domain nested within the Zn‐binding domain. Residues from both dimerization domains and one of the two Zn‐binding domains, respectively, contribute to the active sites. One such enzyme, the mammalian aminoacylase‐1 (Acy1), functions in the salvage of acetylated amino acids. The related Pseudomonas carboxypeptidase G2 (CPG2) is used in cancer therapy. CPG2 and Acy1 both deacylate amino acids, but with distinct selectivities toward the acyl portion: CPG2 prefers bulky acyl moieties whereas Acy1 selects for acetyl and small acyl groups. To map the apparently more restricted acyl‐binding pocket of Acy1, we designed and assayed a series of aliphatic acyl‐Met substrates for the human and porcine enzymes. 3D‐QSAR models were derived to relate measured substrate binding affinities (p K M ) to molecular topologies of the acyl fragments. The results indicate subtle differences between the two Acy1 enzymes. Docking of the 3D‐QSAR map for human Acy1 in the crystal structure of its Zn‐binding domain associates the I177, T347 and L372 side chains with detrimental contributions to the binding of larger acyl groups. We probed these predictions by site‐directed mutagenesis and enzymatic characterization. Lower K M values for T347S and L372V indicate improved binding affinities toward apposite acyl moieties. This strengthens our prediction that T347 and L372 specifically restrict the acyl‐binding pocket, and shows the potential for engineering of substrate specificity. Supported by the National Research Council Canada
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».