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Enregistrement W36749043 · doi:10.1128/mbio.03384-22

Contextual Reasoning based Mobile Recommender System

2012· dissertation· en· W36749043 sur OpenAlexfundno aff
Abhiroop Gupta

Notice bibliographique

RevuemBio · 2012
Typedissertation
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueContext-Aware Activity Recognition Systems
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesCanadian Institutes of Health ResearchUniversität des SaarlandesDeutsche ForschungsgemeinschaftBurroughs Wellcome Fund
Mots-clésRecommender systemComputer scienceContext (archaeology)Process (computing)PopularityMobile deviceCollaborative filteringHuman–computer interactionContext awarenessWorld Wide WebData scienceMultimedia

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The fungal pathogen Cryptococcus neoformans is distinguished by a cell-wall-anchored polysaccharide capsule that is critical for virulence. Biogenesis of both cell wall and capsule relies on the secretory pathway. Protein secretion begins with polypeptide translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane through a highly conserved channel formed by three proteins: Sec61, Sbh1, and Sss1. Sbh1, the most divergent, contains multiple phosphorylation sites, which may allow it to regulate entry into the secretory pathway in a species- and protein-specific manner. Absence of <i>SBH1</i> causes a cell-wall defect in both Saccharomyces cerevisiae and C. neoformans, although other phenotypes differ. Notably, proteomic analysis showed that when cryptococci are grown in conditions that mimic aspects of the mammalian host environment (tissue culture medium, 37°C, 5% CO<sub>2</sub>), a set of secretory and transmembrane proteins is upregulated in wild-type, but not in <i>Δsbh1</i> mutant cells. The Sbh1-dependent proteins show specific features of their ER targeting sequences that likely cause them to transit less efficiently into the secretory pathway. Many also act in cell-wall biogenesis, while several are known virulence factors. Consistent with these observations, the C. neoformans <i>Δsbh1</i> mutant is avirulent in a mouse infection model. We conclude that, in the context of conditions encountered during infection, Sbh1 controls the entry of virulence factors into the secretory pathway of C. neoformans, and thereby regulates fungal pathogenicity. <b>IMPORTANCE</b> Cryptococcus neoformans is a yeast that causes almost 200,000 deaths worldwide each year, mainly of immunocompromised individuals. The surface structures of this pathogen, a protective cell wall surrounded by a polysaccharide capsule, are made and maintained by proteins that are synthesized inside the cell and travel outwards through the secretory pathway. A protein called Sbh1 is part of the machinery that determines which polypeptides enter this export pathway. We found that when Sbh1 is absent, both C. neoformans and the model yeast S. cerevisiae show cell-wall defects. Lack of Sbh1 also changes the pattern of secretion of both transmembrane and soluble proteins, in a manner that depends on characteristics of their sequences. Notably, multiple proteins that are normally upregulated in conditions similar to those encountered during infection, including several needed for cryptococcal virulence, are no longer increased. Sbh1 thereby regulates the ability of this important pathogen to cause disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Autre devis · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,914
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,270
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeAutre devis
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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