Tandem Mass Tag Labeling–Based Analysis to Characterize Muscle-Specific Proteome Changes During Postmortem Aging of Bison Longissimus Lumborum and Psoas Major Muscles
Notice bibliographique
Résumé
The objective of the study was to examine the variations in sarcoplasmic proteomes of bison longissimus lumborum (LL) and psoas major (PM) muscles during postmortem aging utilizing tandem mass tag isobaric labeling coupled with liquid chromatography–mass spectrometry for the categorization of muscles with muscle-specific inherent color stability. A total of 576 proteins were identified in both bison LL and PM muscles, where 97 proteins were identified as differentially abundant (fold change > 1.5, P < 0.05) from the 3 comparisons between muscles during postmortem aging periods (PM vs. LL at 2 d, 7 d, and 14 d). Between muscles, the most abundant protein groups were based on functions such as electron transport chain or oxidative phosphorylation, tricarboxylic acid cycle, adenosine triphosphate transport, carbohydrate metabolism, fatty acid oxidation, chaperones, oxygen transport, muscle contraction, calcium signaling, and protein synthesis. In PM, most of the proteins from electron transport chain, tricarboxylic acid cycle, fatty acid oxidation, adenosine triphosphate and oxygen transport, and muscle contraction were more abundant or exhibited increased expression during aging compared with LL. On the other hand, the proteins involved in carbohydrate metabolism, chaperone function, and protein synthesis mostly exhibited decreased expression in PM muscles relative to LL. These results clearly demonstrate that the proteins associated with oxidative metabolism showed increased expression in PM muscles. This indicates that oxidative damage and subsequent color deterioration resulted in bison PM muscles being attacked by the reactive oxygen species produced during those metabolic processes. In contrast, proteins involved in glycolysis and chaperone activity exhibited a decrease in expression in bison PM muscles, resulting in a decline in color stability compared with LL. Because glycolytic enzymes generate reducing equivalents and chaperones maintain the native folded protein structure, they are consequently responsible for the color stability in LL muscles compared with PM.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».