Genomic variability and plasticity of <i>Pseudomonas</i> causing coffee leaf spots in Minas Gerais state, Brazil
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Foliar spots caused by Pseudomonas coronafaciens pv. garcae (Pcg), Pseudomonas amygdali pv. tabaci (Pat) and Pseudomonas cichorii (Pch) are major bacterial diseases that can reduce coffee production. However, little is known about the genetic diversity and molecular mechanisms underlying the pathogenicity to coffee plants of these bacteria. In this study, genome sequences of Pcg, Pat and Pch strains isolated from coffee plants in Minas Gerais state, Brazil, were used to assess their variability and plasticity, and compare their type III secretion system (T3SS) and apoplastic effector repertoires as well as tabtoxin biosynthetic/detoxification genes. Genomic diversity was found for all three phytopathogens, among which Pch possesses the highest number of exclusive proteins. The Pcg genome is the most stable whereas that of Pch is the most plastic, which is related to their host ranges. When compared with those of Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000, hrp / hrc gene sequences are more conserved in Pcg and Pat than in Pch, which also possesses the smallest T3SS and the largest apoplastic effector repertoires. The only T3SS effector family common to all three pathogens is AvrE, suggesting that, as for other plant– Pseudomonas interactions, it may play a crucial role for pathogenicity towards coffee plants. Apoplastic proteins associated with maintaining the redox balance and degrading proteins/peptides not previously described as important in plant–bacteria interactions were found. Gain/loss of the tabtoxin biosynthetic cluster with retention of the antitoxin gene was observed, indicating that tabtoxin production is not a limiting factor for the occurrence of mixed infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».