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Enregistrement W4200131701 · doi:10.21203/rs.3.rs-1198968/v1

Reference genome-assisted identification of stem rust resistance gene Sr62 encoding a tandem kinase

2021· preprint· en· W4200131701 sur OpenAlexaff
Guotai Yu, Oadi Matny, Nicolas Champouret, Burkhard Steuernagel, Matthew Moscou, Inmaculada Hernández‐Pinzón, Phon Green, Şadiye Hayta, Mark A. Smedley, Wendy Harwood, Ngonidzashe Kangara, Yajuan Yue, Catherine Gardener, Mark J. Banfield, Pablo D. Olivera, Cole Welchin, Jamie Simmons, E. Millet, Anna Minz‐Dub, Moshe Ronen, Raz Avni, Amir Sharon, Mehran Patpour, Annemarie Fejer Justesen, Murukarthick Jayakodi, Axel Himmelbach, Nils Stein, Shuangye Wu, Jesse Poland, Jennifer Ens, Curtis Pozniak, Miroslava Karafiátová, István Molnár, Jaroslav Doležel, E. R. Ward, T. Lynne Reuber, Jonathan D. G. Jones, Martin Mascher, Brian J. Steffenson, Brande B. H. Wulff

Notice bibliographique

RevueResearch Square · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueWheat and Barley Genetics and Pathology
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilTel Aviv UniversityGatsby Charitable FoundationDirectorate for Biological SciencesUniversity of MinnesotaGordon and Betty Moore Foundation
Mots-clésStem rustBiologyGeneticsGeneGenomePlant disease resistanceComputational biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

<title>Abstract</title> The wild relatives and progenitors of wheat have been widely used as sources of disease resistance (<italic>R</italic>) genes. Molecular identification and characterization of these <italic>R</italic> genes facilitates their manipulation and tracking in breeding programmes. We developed a reference-quality genome assembly of the wild diploid wheat relative <italic>Aegilops sharonensis</italic> and used positional mapping, mutagenesis, RNA-Seq and transgenesis to identify the stem rust resistance gene <italic>Sr62</italic>, which was also transferred to common wheat. This gene encodes a tandem kinase, homologues of which exist across multiple taxa in the plant kingdom. Stable <italic>Sr62</italic> transgenic wheat lines showed high levels of resistance against diverse isolates of the stem rust pathogen, highlighting the utility of <italic>Sr62</italic> for deployment as part of a polygenic stack to maximize the durability of stem rust resistance.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,767
Score d'incertitude au seuil0,413

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,135
Tête enseignante GPT0,344
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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