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Enregistrement W4200140735 · doi:10.1038/s41525-021-00268-8

De novo variants in H3-3A and H3-3B are associated with neurodevelopmental delay, dysmorphic features, and structural brain abnormalities

2021· article· en· W4200140735 sur OpenAlex
Volkan Okur, Zefu Chen, Liesbeth Vossaert, Sandra Peacock, Jill A. Rosenfeld, Lina Zhao, Haowei Du, Emily Calamaro, Amanda Gerard, Sen Zhao, Jill Kelsay, Ashley Lahr, Chloe Mighton, Hillary M. Porter, Amy Siemon, Josh Silver, Shayna Svihovec, Chin‐To Fong, Christina Grant, Jordan Lerner‐Ellis, Kandamurugu Manickam, Suneeta Madan‐Khetarpal, Shawn E. McCandless, Chantal F. Morel, G. Bradley Schaefer, Elizabeth Berry‐Kravis, Ryan Gates, Natalia Gomez‐Ospina, Guixing Qiu, Jianguo Zhang, Zhihong Wu, Linyan Meng, Pengfei Liu, Daryl A. Scott, James R. Lupski, Christine M. Eng, Nan Wu, Bo Yuan

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

Revuenpj Genomic Medicine · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Chromatin Dynamics
Établissements canadiensUniversity Health NetworkUniversity of TorontoLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteSt. Michael's HospitalMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesCIHR Skin Research Training CentreNational Heart, Lung, and Blood InstituteU.S. Department of Health and Human ServicesPeking Union Medical CollegeCanadian Institutes of Health ResearchChinese Academy of Medical SciencesNatural Science Foundation of Beijing MunicipalityNational Human Genome Research InstituteTsinghua UniversityGovernment of CanadaBaylor-Hopkins Center for Mendelian GenomicsNational Eye InstitutePeking Union Medical College HospitalNational Natural Science Foundation of ChinaBroad Institute
Mots-clésGlobal developmental delayHistone H3Missense mutationGeneticsBiologyShort staturePhenotypeExome sequencingGeneChromatinEndocrinology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The histone H3 variant H3.3, encoded by two genes H3-3A and H3-3B, can replace canonical isoforms H3.1 and H3.2. H3.3 is important in chromatin compaction, early embryonic development, and lineage commitment. The role of H3.3 in somatic cancers has been studied extensively, but its association with a congenital disorder has emerged just recently. Here we report eleven de novo missense variants and one de novo stop-loss variant in H3-3A (n = 6) and H3-3B (n = 6) from Baylor Genetics exome cohort (n = 11) and Matchmaker Exchange (n = 1), of which detailed phenotyping was conducted for 10 individuals (H3-3A = 4 and H3-3B = 6) that showed major phenotypes including global developmental delay, short stature, failure to thrive, dysmorphic facial features, structural brain abnormalities, hypotonia, and visual impairment. Three variant constructs (p.R129H, p.M121I, and p.I52N) showed significant decrease in protein expression, while one variant (p.R41C) accumulated at greater levels than wild-type control. One H3.3 variant construct (p.R129H) was found to have stronger interaction with the chaperone death domain-associated protein 6.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,730
Score d'incertitude au seuil0,698

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,206
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle