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Enregistrement W4200155235 · doi:10.1038/s41467-021-26280-1

Finding genetically-supported drug targets for Parkinson’s disease using Mendelian randomization of the druggable genome

2021· article· en· W4200155235 sur OpenAlexaff
Catherine S. Storm, Demis A. Kia, Mona Mohammad Almramhi, Sara Bandrés‐Ciga, Chris Finan, Alastair J. Noyce, Rauan Kaiyrzhanov, Ben Middlehurst, Manuela Tan, Henry Houlden, Huw R. Morris, Hélène Plun‐Favreau, Peter Holmans, John Hardy, Daniah Trabzuni, John P. Quinn, Vivien J. Bubb, Kin Y. Mok, Kerri J. Kinghorn, Patrick A. Lewis, Sebastian R. Schreglmann, Ruth C. Lovering, Lea R’Bibo, Claudia Manzoni, Mie Rizig, Mina Ryten, Sebastian Guelfi, Valentina Escott‐Price, Viorica Chelban, Thomas Foltynie, Nigel Williams, Karen Morrison, Carl E Clarke, Kirsten Harvey, Benjamin M. Jacobs, Alexis Brice, Fabrice Danjou, Suzanne Lesage, Jean‐Christophe Corvol, María Martínez, Claudia Schulte, Kathrin Brockmann, Javier Simón‐Sánchez, Peter Heutink, Patrizia Rizzu, Manu Sharma, Thomas Gasser, Susanne A. Schneider, Mark Cookson, Cornelis Blauwendraat, David W. Craig, Kimberley J. Billingsley, Mary B. Makarious, Derek P. Narendra, Faraz Faghri, J. Raphael Gibbs, Dena Hernández, Kendall Van Keuren‐Jensen, Joshua Shulman, Hirotaka Iwaki, Hampton L. Leonard, Mike A. Nalls, Laurie Robak, José Brás, Rita Guerreiro, Steven Lubbe, Timothy Troycoco, Steven Finkbeiner, Niccolò E. Mencacci, Codrin Lungu, Andrew Singleton, Sonja W. Scholz, Xylena Reed, Ryan J. Uitti, Owen A. Ross, Francis P. Grenn, Anni Moore, Roy N. Alcalay, Zbigniew K. Wszołek, Ziv Gan‐Or, Guy A. Rouleau, Lynne Krohn, Kheireddin Mufti, Jacobus J. van Hilten, Johan Marinus, Astrid D. Adarmes-Gómez, Miquel Aguilar, Ignacio Álvarez, Victoria Álvarez, Francisco Javier Barrero, Jesús Alberto Bergareche Yarza, Inmaculada Bernal‐Bernal, Marta Blázquez Estrada, Marta Bonilla‐Toribio, Juan A. Botía, María Teresa Boungiorno, Dolores Buiza‐Rueda, Ana Cámara, Fátima Carrillo, Mario Carrión‐Claro, Debora Cerdan, Jordi Clarimón, Yaroslau Compta, Mónica Díez-Fairén, Oriol Dols‐Icardo, Jacinto Duarte, Raquel Durán, Francisco Escamilla‐Sevilla, Mario Ezquerra, Cici Feliz, Manel Fernández, Rubén Fernández‐Santiago, Ciara García, Pedro Ruiz, Pilar Gómez‐Garre, María José Gómez Heredia, Isabel González Aramburu, Ana Gorostidi Pagola, Janet Hoenicka, Jon Infante, Silvia Jesús, Adriano Jiménez‐Escrig, Jaime Kulisevsky, Miguel A. Labrador‐Espinosa, José Luis López-Sendón, Adolfo López de Munaín Arregui, Daniel Macías, Irene Martínez‐Torres, Juan Marín‐Lahoz, Marı́a José Martı́, Juan Carlos Martínez‐Castrillo, Carlota Méndez‐del‐Barrio, Manuel Menéndez‐González, Marina Mata, Adolfo Mínguez‐Castellanos, Pablo Mir, Elisabet Mondragón Rezola, Esteban Muñoz, Javier Pagonabarraga, Pau Pástor, Francisco Pérez Errazquin, María Teresa Periñán, Javier Ruiz‐Martínez, Clara Ruz, A Rodríguez, María Sierra, Esther Suárez-Sanmartín, César Tabernero, Juan Pablo Tartari, Cristina Tejera‐Parrado, Eduard Tolosa, Francesc Valldeoriola, Laura Vargas‐González, Lydia Vela, Francisco Vives, Alexander Zimprich, Lasse Pihlstrøm, Mathias Toft, Pille Taba, Sulev Kõks, Sharon Hassin‐Baer, Kari Majamaa, Ari Siitonen, Pentti Tienari, Njideka Okubadejo, Oluwadamilola O. Ojo, Chingiz Shashkin, Nazira Zharkinbekova, Vadim Akhmetzhanov, Gulnaz Kaishybayeva, Altynay Karimova, Хайбуллин Т.Н., Timothy Lynch, Aroon D. Hingorani, Nicholas Wood

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesRosetrees TrustKing Abdulaziz UniversityAgence Nationale de la RechercheUniversity College LondonParkinson's UKNational Institute for Health and Care ResearchMedical Research CouncilBarts Charity
Mots-clésMendelian randomizationDruggabilityDiseaseGenomeGeneticsBiologyComputational biologyMendelian inheritanceDrugGeneMedicinePharmacologyGenetic variantsGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Parkinson's disease is a neurodegenerative movement disorder that currently has no disease-modifying treatment, partly owing to inefficiencies in drug target identification and validation. We use Mendelian randomization to investigate over 3,000 genes that encode druggable proteins and predict their efficacy as drug targets for Parkinson's disease. We use expression and protein quantitative trait loci to mimic exposure to medications, and we examine the causal effect on Parkinson's disease risk (in two large cohorts), age at onset and progression. We propose 23 drug-targeting mechanisms for Parkinson's disease, including four possible drug repurposing opportunities and two drugs which may increase Parkinson's disease risk. Of these, we put forward six drug targets with the strongest Mendelian randomization evidence. There is remarkably little overlap between our drug targets to reduce Parkinson's disease risk versus progression, suggesting different molecular mechanisms. Drugs with genetic support are considerably more likely to succeed in clinical trials, and we provide compelling genetic evidence and an analysis pipeline to prioritise Parkinson's disease drug development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,807
Score d'incertitude au seuil0,352

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,282 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations214
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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