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Enregistrement W4200228656 · doi:10.1101/2021.12.05.21267219

Machine Learning Model for Predicting Outcomes of Biologic Therapy in Psoriasis

2021· preprint· en· W4200228656 sur OpenAlexaff
Amy Du, Zarqa Ali, Kawa Khaled Ajgeiy, Maiken Glud Dalager, Tomas Norman Dam, Alexander Egebjerg, C. Nissen, Lone Skov, Simon Francis Thomsen, Sepideh Emam, Robert Gniadecki

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2021
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiquePsoriasis: Treatment and Pathogenesis
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésUstekinumabMedicineDiscontinuationAdalimumabSecukinumabPsoriasisEtanerceptIxekizumabInfliximabMachine learningInternal medicineArtificial intelligencePsoriatic arthritisComputer scienceImmunologyDiseaseTumor necrosis factor alpha

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Biological agents used for the therapy of psoriasis lose efficacy over time, which leads to discontinuation of the drug. Optimization of long-term biologic treatment is an area of medical need but there are currently no prediction tools for biologic drug discontinuation. Objective To compare the accuracy of the risk factor-based frequentist statistical model to machine learning to predict the 5-year probability of biologic drug discontinuation. Methods The national Danish psoriasis biologic therapy registry, Dermbio, comprising 6,172 treatment series with anti-TNF (Etanercept, Infliximab, Adalimumab), Ustekinumab, Guselkumab and anti-IL17 (Secukinumab and Ixekizumab) in 3,388 unique patients was used as data source. Hazard ratios (HR) were computed for all available predictive factors using Cox regression analysis. Different machine learning (ML) models for the prediction of 5-year risk of drug discontinuation were trained using the 5-fold cross validation technique and using 10 clinical features routinely assessed in psoriasis patients as input variables. Model performance was assessed using the area under the receiver operating characteristic curve (AUC). Results The lowest 5-year risk of discontinuation was associated with therapy with ustekinumab or ixekizumab, male sex and no previous exposure to biologic therapy. The predictive model based on those risk factors had an AUC of 0.61. The best ML model (gradient boosted tree) had an AUC of 0.85. Conclusions A machine learning-based approach, more than a statistical model, accurately predicts the risk of discontinuation of biologic therapy based on simple patient variables available in clinical practice. ML might be incorporated into clinical decision making.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,010
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,021

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,010
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,049
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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