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Enregistrement W4200315604 · doi:10.1002/ejoc.202101387

A Mechanistic Study on the Non‐enzymatic Hydrolysis of Kdn Glycosides

2021· article· en· W4200315604 sur OpenAlexaff
Ali Nejatie, Cinzia Colombo, Benyamin Hakak‐Zargar, Andrew J. Bennet

Notice bibliographique

RevueEuropean Journal of Organic Chemistry · 2021
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGlycosylation and Glycoproteins Research
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryHydrolysisGlycosidic bondGlycosideReactivity (psychology)Reaction rate constantAqueous solutionMedicinal chemistryHydroniumSteric effectsCarboxylateStereochemistryCatalysisOrganic chemistryHydrolysis constantEnzymeKineticsIon

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Sialic acids are biologically important carbohydrates that are prevalent throughout nature. We are interested in their intrinsic reactivity in aqueous solution and how such reactivity affects the design of substrates for investigation of enzymes that process these sugars. To probe the reactivity differences between two sialic acid family members N‐acetylneuraminic acid and Kdn we measured the rate constants for hydrolysis of 4‐nitrophenyl 3‐deoxy‐d‐glycero‐α‐d‐galacto‐non‐2‐ulosonide in aqueous solution. The kinetic data is consistent with glycosidic C−O bond cleavage occurring via four mechanistic pathways, and these are: (i) hydronium ion‐catalyzed hydrolysis of the neutral sugar; (ii) hydronium ion‐catalyzed hydrolysis of the glycosidic carboxylate; (iii) water‐catalyzed hydrolysis of the anionic glycoside; and (iv) base‐promoted reaction of the anionic glycoside. To study the effects of C‐5 substitution on the Kdn glycoside we made 4‐nitrophenyl 5‐O‐methyl‐α‐Kdn glycoside and determined its rate constants for hydrolysis. All hydrolytic rate constants for both Kdn glycosides were larger than those reported for the parent N‐acetyl‐α‐neuraminide. The water‐catalyzed reaction (pathway iii) exhibited a βlg value of −1.3±0.1. We conclude that the larger rate constants associated with C5‐oxygen containing sialosides results from less steric congestion at the hydrolytic transition states than for the parent C‐5 acetamido glycoside.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2021
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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